支气管镜检查通常较为安全，但存在一定风险。支气管镜可能引起咽喉不适、少量出血或短暂低氧，严重情况下可能出现气胸、感染或心律失常。操作前医生会评估患者心肺功能并采取防护措施。
支气管镜检查过程中，多数患者仅出现轻微不适。咽喉部麻醉可减轻操作时的恶心反射，镜体通过声门可能引发短暂咳嗽，检查后1-2小时咽喉麻木感会逐渐消退。黏膜活检后痰中带血丝属于正常现象，通常24小时内自行停止。检查时血氧监测发现氧饱和度下降时，医生会通过鼻导管给氧快速纠正。
少数情况下可能发生需医疗干预的并发症。肺组织活检后出现持续咯血或胸痛，需警惕气胸发生。糖尿病患者术后可能出现发热等感染征象。原有心脏疾病患者检查中偶见早搏或心动过速，心电监护能及时发现并处理。这些情况发生率较低，但需在具备抢救条件的医疗机构进行检查。
检查前需空腹4-6小时，术后2小时禁食禁水。有活动性咯血、严重肺动脉高压或近期心肌梗死患者应暂缓检查。建议选择经验丰富的呼吸内镜医师操作，检查后留观30分钟，出现呼吸困难或呕血立即告知医护人员。术后三天避免剧烈运动，清淡饮食有助于黏膜修复。
