肛瘘手术过程中通常不会感到明显疼痛，手术会在麻醉状态下进行。术后可能出现轻微疼痛或不适，但可通过药物缓解。
肛瘘手术一般采用局部麻醉或骶管麻醉，患者在术中处于无痛状态。手术方式包括肛瘘切开术、肛瘘切除术和挂线疗法等，医生会根据瘘管位置和复杂程度选择合适术式。手术时间通常为30-90分钟，术中会彻底清除瘘管和感染组织。现代医疗技术已能较好控制手术创伤，术中出血量较少。
术后1-3天可能出现伤口胀痛，这与手术创伤、敷料压迫和肛门括约肌痉挛有关。医生会开具布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚片等镇痛药物，配合高锰酸钾坐浴可有效缓解。少数复杂性肛瘘或合并感染的患者，疼痛可能持续5-7天，需加强抗感染治疗。术后排便时可能出现短暂刺痛，保持大便软化能减轻不适。
术后需保持肛门清洁干燥，每日用1:5000高锰酸钾溶液坐浴2-3次。饮食以清淡易消化为主，多摄入燕麦、火龙果等富含膳食纤维的食物。避免久坐久站，可进行提肛运动促进血液循环。定期复查伤口愈合情况，如出现剧烈疼痛、发热或大量渗液需及时就医。多数患者2-4周可基本恢复日常活动。
